Изобретение относится к медицине, а именно к системам хирургической навигации и микроманипуляций. Система включает устройство микроманипулятора для проведения микроманипуляций и устройство пространственной ориентации инструмента для хирургической навигации. Устройство пространственной ориентации содержит фиксатор (1), стойку вертикального перемещения (2) и рычаги горизонтального перемещения, по меньшей мере, основной (5), промежуточный (6), шарнирный (7), соединенные с возможностью смещения в параллельных горизонтальных плоскостях и снабженные звеньями соединительными. Фиксатор закреплен на операционном столе и выполнен с возможностью вращения в одной плоскости. Стойка имеет возможность возвратно-поступательного перемещения в фиксаторе. Стойка имеет составную жесткую конструкцию и состоит из основной изогнутой составной части (3) и дополнительной вертикальной составной части (4) с кольцом-ограничителем вертикального перемещения. Дополнительная вертикальная составная часть закреплена посредством звена соединительного штыревого (9) с рычагом основным горизонтального перемещения. Кольцо-ограничитель имеет возможность выбора необходимой высоты расположения рычага основного вдоль дополнительной вертикальной составной части. Стойка имеет возможность вращательного перемещения в фиксаторе. Рычаги основной, промежуточный и шарнирный закреплены между собой звеньями соединительными штыревыми. Рычаг шарнирный посредством звена соединительного шарнирно-шарового (8) жестко соединен с микроманипулятором (10). Микроманипулятор содержит суппорт с рукояткой и блок передачи движения, включающий рычаг передачи движения с рукояткой и рычаг установочный с рукояткой, причем каждый из этих рычагов имеет крепежные элементы в виде винтов и гаек-шарниров. Рукоятка рычага передачи движения закреплена гайкой-шарниром на этом рычаге и винтом на суппорте. Рукоятка рычага установочного закреплена гайкой-шарниром на этом рычаге и винтом на рычаге передачи движения. Достигается повышение точности хирургической навигации и микроманипуляций, повышение эксплуатационной надежности микроманипулятора, а также сокращение длительности операции. 4 ил.